端末側でクレジットの会計をミスしたが、funfo側で赤伝票にしたら良いか?

funfoアプリで赤伝票処理をしても、square上では訂正処理はされません。

square端末での払い戻し処理については、Square社専用ページにてご確認ください。

払い戻しの処理 | Squareヘルプセンター - JP
Square POSレジアプリからまたは Square データから、全額、商品別、部分的に払い戻すことができます。元の支払いカードに払い戻すか、プラスチックのギフトカードまたはeギフトカードを用いてストアクレジットとして払い戻すことが可能です。詳細については、Square POSレジアプリからギフトカードに払い戻しをするをご覧ください。
https://squareup.com/help/jp/ja/article/6116-process-refunds